La struttura organizzativa di AEGEE non ha un livello nazionale al fine di promuovere la cooperazione internazionale ed evitare il crearsi di ogni nazionalismo o barriera mentale.

L’associazione è composta secondo una struttura organizzativa a due soli livelli: a livello locale e a livello europeo

• Antenna è il nome di ogni sede locale. Un antenna organizza almeno un Evento Europeo l’anno, e varie attività locali. le cui attività sono gestite e coordinate da un board di 6-7 membri. Le Antennae espletano le loro attività a livello cittadino e molto spesso si appoggiano ad una struttura universitaria, considerato anche il fatto che la maggior parte dei membri di AEGEE sono studenti universitari. Attualmente ci sono circa 260 antennae in Aegee Europe, da Mosca a Madrid, da Istanbul a Stoccolma;
• Comité Directeur (CD), con sede a Bruxelles. Esso coordina le attività delle varie sedi locali, gestisce le problematiche comuni e rappresenta l’associazione nelle istituzioni sovranazionali. È composto di 9 membri che vengono eletti semestralmente in occasione delle assemblee generali dell’associazione (Agorà). È composto da Presidente, Direttore Finanziario, Segretario Generale, Direttore delle Pubbliche Relazioni, Direttore per lo sviluppo del Network, Direttore delle Relazioni Esterne, Direttore per le Istituzioni Europee, Direttore dei Progetti e Direttore delle Risorse Umane. Sono eletti durante le Agora;
• Working Groups (WG) sono la spina dorsale tematica di AEGEE. Sono gruppi internazionali i cui componenti organizzano eventi basati su tematiche specifiche, come politiche, minoranze europee o argomenti ambientali;
• Le Commissioni sono un organismo di supporto e controllo per il direttivo europeo (CD). Sono: Audit Commission, Members Commission, Juridical Commission e la Network Commission;
• The Project Teams coordinano il lavoro dei progetti in tutta Europa. Questi progetti possono essere conferenzesu argomenti specifici, giornate tematiche e ogni altro tipo di attività. Questi team sono composti da studenti di diverse nazionalità eletti durante l’Agora;
• I Liaison Officers (LO – ufficiali di collegamento) rappresentano AEGEE-Europe presso una istituzione o organizzazione ( per esempio UNESCO o la European Youth Foundation). Il CD decide presso quale istituzione un LO deve essere indirizzato e sceglie anche le persone, dopo una trasparente selezione aperta a tutto il network (che avviene sulla mailing list principale). In ogni caso ogni decisione deve essere ratificata dall’Agora.